感谢邀请！这个问题问得好，因为我差点就给出了错误的参考。比较专业或院系，我们首先要看所在的大学如何。

浙江理工大学，前身是1897年杭州知府林启为实现实业救国、教育救国而创办的蚕学馆。几经周转，教育部决定于2004年正式更名为浙江理工大学，2006年获得博士学位授予权。是一所隶属浙江省人民政府管理的一本普通公立高校，校训是：厚德致远、博学敦行。

同济大学浙江学院，是2008年5月经国家教育部批准成立，由同济大学、宏达控股集团有限公司和嘉兴市教育发展投资有限公司合作举办的全日制本科学历教育得独立院校。是一所隶属浙江省教育厅主管的学历教育独立院校，即民办学校，校训是：同舟共济、自强不息。

从上面所在学校的介绍可以看出，浙江理工大学是一所省重点一本普通高校；同济大学浙江学院是一所学历教育的民办学校。不用我多说，当然是浙江理工大学要硬气得多，两个学校就根本不是一个层级的。同济大学浙江学院根本没法和浙江理工大学比。

至于建筑系，浙江理工大学建筑系在全国高校排名42位左右；而同济大学浙江学院建筑系在全国没有排名，也就是根本不入流。

所以答案也就很明显了，当然是浙江理工大学建筑系好。

报考大学时，千万不要让学校的大名蒙蔽了双眼我咋眼一看，还以为是同济大学的建筑系，心想同济大学建筑系全国排名第四，这还用选吗？不曾想，同济大学浙江学院根本就是不入流的学校。