《意见》印发后，基础教育系统认真贯彻落实，但在落实过程中遇到了一些新问题，比如有基层教育部门反映，有些学校基层党员干部、教师对学校新领导体制不够了解、不熟悉；有的学校党组织体系不健全，党的全面领导向下覆盖和延伸还有一定差距；部分学校基层党员干部能力素质比较单一，党组织班子和队伍作用发挥不够有力；各项配套保障制度还没有建立起来，体制性短板和习惯性思维难破解等现实问题。为了解决这些问题，各地提出的思路是“一校一策”，即根据学校的实际情况，将《意见》精神落实到位。除此之外，落实的关键在于应与建立现代学校制度、提高学校现代化治理能力紧密联系起来，通过修订、完善学校章程，以及明晰党组织、校长的权责，来加强中小学党建，推动学校形成教育家办学的氛围，提高学校的育人质量。

怎么解决干部教师对学校新领导体制不够了解的问题呢？这就需要启动学校章程的修订，而且，修订学校章程需要广泛听取教师干部的意见，而不只是进行纸面、文字上的修订，并结合学校实际建立符合校情的治理结构。

《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》提出，要适应中国国情和时代要求，建设依法办学、自主管理、民主监督、社会参与的现代学校制度，构建政府、学校、社会之间新型关系。2012年发布的《全面推进依法治校实施纲要》要求依法制定具有自身特色的学校章程。学校起草制定章程要遵循法制统一、坚持社会主义办学方向的基本原则，以促进改革、增强学校自主权为导向，着力规范内部治理结构和权力运行规则，充分反映广大教职员工、学生的意愿，凝练共同的理念与价值认同，体现学校的办学特色和发展目标，突出科学性和可操作性。普通中小学、幼儿园、中等职业学校章程，由主管教育行政部门核准，短期目标是形成一校一章程的格局。

在此次《意见》中，中小学校党组织全面领导学校工作，履行把方向、管大局、作决策、抓班子、带队伍、保落实的领导职责。校长在学校党组织领导下，依法依规行使职权，按照学校党组织有关决议，全面负责学校的教育教学和行政管理等工作。因此，可根据《意见》的要求，对各中小学现有的学校章程进行修订，这是以“一校一策”落实《意见》的关键步骤，并通过修订章程，凝聚教师干部的共识。

与此同时，对于“党组织设置为党委、党总支的中小学校，党组织书记、校长一般应当分设，党组织书记一般不兼任行政领导职务，校长是中共党员的应当同时担任党组织副书记；党组织设置为党支部的中小学校，党组织书记、校长一般由一人担任，同时应当设1名专职副书记”，一些老师担心，党组织书记、校长如果分设，会不会出现意见不合、不团结而导致的“内耗”；党组织书记、校长如果“一肩挑”，会不会出现权力集中、搞“一言堂”，以及“重行政业务，不重党建”的问题。

要避免出现这些问题，就需要从制度设计上，将治理结构、权责关系理顺。首先，建立健全议事决策制度。学校党组织会议和校长办公会议（校务会议）需严格落实科学决策、民主决策、依法决策，不能让议事决策制度流于形式，变为书记或者校长说了算。在检查落实情况时，可把是否建立健全议事决策制度作为重点。

其次，完善中小学校内部治理体系。中小学校内部的权力包括行政权、教育权、学术权，内部事务包括教育、学术事务与非教育、学术事务，建立现代学校制度，提高学校治理能力，就必须推进行政权、教育权、学术权相对分离，同时实现教育事务以及学术事务由教师委员会负责管理。只有积极发挥教师委员会的作用，才能推进学校管理科学化，让教师专注教学事务，进而提高教育教学质量。具体而言，学校党组织承担并履行把方向、管大局、作决策、抓班子、带队伍、保落实的领导职责，校长作为学校行政的负责人，主要保障学校日常运行，为教师开展教育教学、学生健康成长创造好的学校环境，而具体怎么开展教育教学，则应该给教师教育教学自主权。建立中小学校党组织领导的校长负责制，需有助于激发学校的办学活力，让教师更好地教书育人。

最后，推进任何新制度的构建，都需要相应的配套机制。比如，不少中小学校党组织书记、副书记和党办主任没有编制职数，党务工作者职称评定、职业发展和工资待遇等缺少相应的制度保障。要解决这一问题，就可能是增加专门的编制，以及在评职称时向党务工作者倾斜，但如此一来，也会产生新的问题，如学校编制数增加，而编制本来就很紧张，评职称时，也难免会遭遇教师的质疑，影响学校党建的效果。因此，要解决这一问题，也需要有改革的精神。一方面，从事党务工作，需发挥党员教师的模范带头作用，主要以兼职方式进行，党员教师在完成教学业务工作后，从事党务工作的表现，在党内应进行奖励和表彰。另一方面，职称评定应该重视岗位能力与岗位贡献，根据不同职务、岗位，进行分类评价。从长远看，职称评审应和职务结合起来，中小学对全体教职工的管理与评价，都将转向基于职务、岗位进行管理和评价。